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| 編輯推薦： |
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癌症是一种基因组改变的疾病，需要分析诊断基因。
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| 內容簡介： |
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当前对癌症的认识是：“癌症是一种基因组改变的疾病”。靶向分子治疗已经提高了某些癌症的疗效，目前已经能够在单核苷酸水平上读取癌症的基因组、表观基因组和转录组数据。 《肿瘤精准医学基因组临床分析与诊断》旨在填补癌症基因组临床诊断和个体化治疗临床诊断和临床管理理论的空白，以配合个体化肿瘤的治疗，有效地防治这种基因组异质性疾病，建立肿瘤的临床早期精准防治方法；发展精准治疗的个体化临床管理，以解决晚期肿瘤的个体化临床治疗和个体化定制治疗的问题。
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| 關於作者： |
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李彪如，美国佐治亚州癌症中心和佐治亚医学院儿童医院终身教授和首席科学家，著名肿瘤临床专家，美国年度Top-6生物信息学家
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| 目錄：
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第一章 基因表达系统模型在肿瘤精准治疗中的临床应用 001
第一节概述 002
第二节基因组分析的临床取样 005
第三节临床基因组诊断 008
第四节系统建模和基因表达特征 010
第五节个体化治疗 014
第六节小结与展望 019
第二章 个体化精准医学的单核苷酸多态性检测 027
第一节概述 028
第二节用于SNP和基因组分析的临床取样 030
第三节临床GWAS检测与分析 032
第四节SNP相关的系统建模 035
第五节个体化靶向治疗的SNP特征 037
第六节小结与展望 039
第三章 肿瘤性疾病表观基因组学的临床分析 045
第一节概述 046
第二节用于表观遗传学分析的临床取样 050
第三节临床表观遗传学检测和表观基因组学分析 053
第四节表观数据的临床应用 057
第五节小结与展望 065
第四章 致癌微小核糖核酸在肿瘤疾病的临床分析 071
第一节概述 072
第二节临床取样 075
第三节临床 miRNA检测及其分析 078
第四节临床应用 082
第五节小结与展望 087
第五章 肿瘤发生和肿瘤疾病的长链非编码RNA临床分析 093
第一节概述 094
第二节用于基因组分析的临床取样 096
第三节临床基因组诊断 099
第四节临床应用挑战 103
第六章 蛋白质组学和分泌组学在肿瘤疾病中的临床应用 107
第一节概述 108
第二节蛋白质组学的临床取样和技术 109
第三节蛋白质组学的临床应用 110
第四节展望 114
第七章 新一代基因组学数据库在肿瘤疾病中的临床应用 117
第一节概述 118
第二节新一代基因组数据库 121
第三节新一代基因组学数据库的临床应用 128
第四节小结 135
第八章 原代肿瘤细胞个体化多维培养系统的临床应用 139
第一节概述 140
第二节个体化多维培养系统 141
第三节用于个体化治疗的个体化多维系统的临床应用 145
第四节小结 147
第九章 基于基因编辑技术的新一代肿瘤基因治疗 149
第一节.概述 150
第二节.基因治疗的新技术 152
第三节.临床应用 154
第四节.展望 161
第十章 宏基因组学和肿瘤疾病 165
第一节.概述 166
第二节.宏基因组学技术 168
第三节.宏基因组学应用 170
第四节.小结与展望 173
第十一章 代谢组学和肿瘤疾病 177
第一节.概述 178
第二节.技术与应用 179
第三节.临床应用 182
第四节.小结与展望 190
第十二章 新型 sRNA在肿瘤疾病中的临床研究和应用 195
第一节.概述 196
第二节.piRNA 197
第三节.小核仁RNA 206
第四节.tRNA衍生的小 RNA 214
第五节.小结 220
第十三章 生物样本库在临床个体化治疗和精准医学中的建立与应用 229
第一节.概述 230
第二节.精准医学的生物样本库 232
第三节.生物样本库的标准操作流程 237
第四节.生物样本库的分析 240
第五节.生物样本库伦理问题和法律解决 243
第六节.生物样本库数据库管理和在线服务 245
第七节.生物样本库教育培训 247
附录 1 转移性心脏肉瘤个体化化疗病例报告 251
第一节.概述 252
第二节.临床样本和方法 253
第三节.结果 255
第四节.病例讨论 261
附录 2 转移性小细胞肺癌个体化治疗病例报告 265
第一节.概述 266
第二节.临床样本和方法 267
第三节.结果 270
第四节.病例讨论 276
附录 3 转移性乳腺癌个体化治疗病例报告 279
第一节.概述 280
第二节.方法 281
第三节.结果 284
第四节.病例讨论 290
第五节.小结 292
感谢人名录（感谢人单位与名称以论文发表的时间为准） 296
索引 301
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| 內容試閱：
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癌症是一种异质性疾病，在其发展的过程中，人体细胞经历了相当复杂的变化。当前对基因组的研究揭示了癌症发生和发展的大致过程：起初是基因组的微小变化，例如驱动基因的变异。随着时间的推移，这些变异逐渐累积，导致肿瘤增殖基因的改变，随后引发肿瘤转移基因的改变。在某些情况下，人体暴露于辐射或接触基因毒性化学物质或被致癌微生物感染后，也可能因为染色体破碎和重排而引发癌症。根据 2022年世界卫生组织报告，癌症作为非传染性疾病（ NCD），其致死率已超过传染病，成为“全球头号杀手”。每两秒钟就有一人死于癌症，特别是在发展中国家，这一数字预计将持续上升。为应对癌症，世界卫生组织提出了两项关键任务：一是深入理解致癌机制，以便早期发现和预防；二是开发个体化的精准治疗方法，以解决晚期肿瘤治疗的难题。
20世纪，癌症的细胞和分子机制研究取得了显著进展。 1914年，Theodor Boveri提出了染色体异常理论。1960年，Peter Nowell和 David Hungerford在慢性粒细胞白血病中发现了费城染色体异常。这些发现使“癌症是一种染色体疾病”的概念逐渐被科学界所接受。 1971年，Alfred Knudson提出了肿瘤抑制基因多重打击假说， J. Michael Bishop和 Harold E. Varmus在 20世纪 70年代早期鉴定了原癌基因。 1982年，首个人类致癌基因 K-RAS被克隆， 1986年，首个肿瘤抑制基因 RB1也被克隆。鉴于以上研究成果，在 20世纪 80年代，“癌症是一种遗传和表观遗传畸变疾病”的概念逐步形成，也为 21世纪的癌症分子生物学的发展奠定了坚实基础。
20世纪 90年代末癌症研究出现了转折。从对单一基因和染色体改变的研究，发展到利用高通量技术解码癌症基因组。人类基因组计划最初是通过 Sanger法测序进行的，后来通过大规模并行测序进行，并于 2003年成功完成。此后，癌症基因组研究计划启动，旨在识别体细胞获得性序列变异和突变，以发现在癌症发展中起关键作用的基因。 2008年国际癌症基因组联盟（ ICGC）成立，致力于提供 50种癌症中的所有突变信息，包括拷贝数变化、插入和缺失。迄今为止，众多癌症基因组和表观基因组研究已经对多种癌症类型进行了测序，使我们对肿瘤生物学背后的分子机制有了更深入的了解。现在，我们认为癌症的起始是基因组中所有导致恶性转化的驱动因素的集合；虽然癌细胞中含有很多突变的基因，但是只有一小部分与癌症的发生发展有密切的联系，我们称之为驱动基因，已发现的驱动基因组的改变超出了基因组中 2%的蛋白质编码基因的范围，它们可能位于基因组活跃转录区域的非编码 RNA分子中，包括 piRNA、microRNA和长非编码RNA。因此，当前的观点是：“癌症是一种基因组改变的疾病”。
对癌症生物学的深入理解正在彻底改变癌症患者的临床管理。癌症总体生存率正在提高，得益于早期发现、早期诊断和早期治疗。治疗的手段也从单一治疗发展到多模块治疗（化疗、放疗、激素治疗、免疫治疗等）或联合治疗。靶向分子治疗的发展，特别是与多模块治疗的结合，已经提高了某些癌症的疗效，例如使用格列卫（甲磺酸伊马替尼）治疗慢性粒细胞白血病、厄洛替尼治疗 EGFR突变的非小细胞肺癌、赫赛汀（曲妥珠单抗）治疗 HER2/neu基因扩增的乳腺癌，以及 BRAF抑制剂治疗转移性黑色素瘤。目前，有大量基因组衍生药物正在进行临床试验，与此同时，慢性癌症患者也能保持较高的生活质量。
随着大规模并行测序技术的应用，我们现在能够在单核苷酸水平上读取癌症的基因组、表观基因组和转录组数据。精准肿瘤医学已经诞生，我们需要进一步发展精准医学的基因组临床分析与诊断，以配合个体化肿瘤的治疗，有效地防治这种基因组异质性疾病。
本书名为《肿瘤精准医学的基因组临床分析与诊断》，旨在填补癌症基因组临床诊断和个体化治疗临床诊断和临床管理理论的空白。我们的目标是：①建立肿瘤的临床早期精准防治方法；②发展精准治疗的个体化临床管理，以解决晚期肿瘤的个体化临床治疗和个体化订制治疗的问题。
特别鸣谢 H. D. Preisler医师，我们建立的实体瘤和白血病单细胞肿瘤基因组图谱临床基因组分析模式，以及使用 CFU-GEMM（粒细胞、红细胞、单核细胞、巨核细胞的集落形成单位）评价药物敏感度都是在 H. D. Preisler医师的支持下完成的。
自 1989年起，我们在上海第二医科大学（现上海交通大学医学院）开始了肿瘤组织的细胞分离和冻存工作。在临床领域里，我们是国内第一个运用肿瘤患者实体瘤来源的 TIL细胞进行临床治疗并建立肿瘤细胞原代培养系统的研究团队； 1995年，在
H. D. Preisler医师的支持下，我们建立了一个以生物样本库为基础的和以临床应用为目的的肿瘤细胞分离与基因组谱临床研究方法。现在我们致力于为临床基因组分析建立第二代整合基因组数据库平台、 4D-5D肿瘤模型个体化治疗领域平台，以及为临床基因组建立新的治疗方法。
需要指出的是，本书中提及的商品名称和商业产品，其目的仅在于提供特定的信息，并不代表任何形式的推荐或暗示。我们的目标是确保读者能够获得准确且有用的知识，以助于他们对相关领域有更深入的了解。
对于所有参与本书编写、审校、设计和制作工作的人员，我们表示最诚挚的感谢。没有他们的付出和努力，本书是不可能完成的。
李彪如 陆 静
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