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| 內容簡介： |
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《单细胞组学基础》系统介绍了一门全新的学科领域——单细胞组学的概念、技术及其数据概况。重点梳理和介绍了单细胞组学高通量测序技术及其数据分析方法，具体包括单细胞捕获、扩增和测序技术、各类组学数据生物信息学分析内容、算法及其主要软件工具。
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| 目錄：
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目录序前言本书使用说明第一章 绪论 1第一节 单细胞组学概述 1一、单细胞组学概念与研究对象 1二、单细胞组学发展历史 8第二节 单细胞组学技术优势及其应用 13一、技术优势及其覆盖领域 13二、领域应用概况 14第三节 单细胞组学展望与挑战 17一、单细胞组学发展趋势 17二、单细胞组学面临的主要挑战 18学科先锋 我的导师汤富酬 19第二章 单细胞分选与测定技术 21第一节 单细胞样本制备 21一、样本类型与要求 21二、悬液制备及分选 23第二节 单细胞转录组测序文库制备与测序技术 28一、单细胞转录组测序文库制备 28二、单细胞转录组测序技术 29第三节 单细胞基因组及表观组测序技术 35一、单细胞基因组测序技术 35二、单细胞三维基因组测序技术 40三、单细胞表观组测序技术 42第四节 单细胞蛋白质组和代谢组测序技术 46一、单细胞蛋白质组测序技术 46二、单细胞代谢组测序技术 50学科先锋 我的导师David Weitz 52第三章 空间组学成像与测定技术 54第一节 单细胞空间转录组学技术 54一、单细胞空间转录组学技术原理 54二、单细胞空间转录组实验流程 60第二节 其他空间组学技术 65一、空间基因组学技术 65二、空间代谢组学技术 67三、空间多组学技术 68学科先锋 超高分辨率时空组学技术Stereo-seq横空出世 73第四章 单细胞转录组数据基础分析 75第一节 测序数据预处理、比对与表达定量 75一、测序数据基本分析流程 75二、条形码和UMI分析 76第二节 表达矩阵质控与优化 78一、质控 78二、标准化与归一化 83三、数据优化 85第三节 特征基因选择、降维与聚类 88一、特征基因选择 88二、降维 89三、聚类 90第四节 标记基因鉴定与细胞类型注释 90一、标记基因鉴定 90二、细胞类型注释 91学科先锋Raul Satija与Georges Seurat 94第五章 单细胞转录组数据高级分析 95第一节 拟时序分析 95一、拟时序分析原理与方法 95二、拟时序分析工具 97第二节 RNA速率分析 97一、RNA速率分析原理 97二、RNA速率分析方法与工具 99第三节 单细胞基因调控网络分析 101一、基因调控网络分析方法 102二、单细胞基因调控网络构建工具 105第四节 细胞通信 107一、细胞通信及其分析方法 107二、细胞通信分析工具 113第五节 单细胞遗传变异分析 116一、单核苷酸变异分析 117二、拷贝数变异分析 118学科先锋Cole Trapnell与拟时序分析（Monocle） 123第六章 单细胞转录组数据专项分析 124第一节 单细胞免疫组库分析 124一、单细胞免疫组库技术原理 124二、单细胞免疫组库数据分析 128第二节 单细胞CRISPR筛选分析 129一、单细胞CRISPR筛选技术原理 129二、单细胞CRISPR筛选数据分析 131第三节 单细胞微生物分析 133一、微生物细胞特征及其转录组测序技术 133二、微生物单细胞转录组数据分析方法 138学科先锋Peter Kharchenko、Sten Linnarsson与RNA速率分析 139第七章 空间转录组数据分析 141第一节 空间转录组数据预处理 141一、数据获取 141二、测序数据预处理 143三、图像数据预处理 145第二节 空间转录组基础分析 148一、空间可变基因识别 148二、空间域聚类识别与细胞类型注释 152第三节 空间转录组高级分析 155一、空间邻域与细胞通信分析 155二、3D重构与时空高维模拟分析 157学科先锋Fabian Theis与Scanpy及其他 159第八章 单细胞其他组学数据分析 160第一节 单细胞基因组分析 160一、单细胞基因组变异鉴定 160二、单细胞基因组拼接 165三、单细胞三维基因组分析 168第二节 单细胞表观组分析 173一、单细胞染色质可及性分析 173二、单细胞甲基化分析 179第三节 单细胞蛋白质组和代谢组分析 184一、单细胞蛋白质组分析 185二、单细胞代谢组分析 189第四节 单细胞多组学数据联合分析 191一、单细胞多组学技术概述 191二、单细胞多组学数据分析 192学科先锋 谢晓亮与单细胞基因组测序 195第九章 单细胞组学算法基础 196第一节 单细胞数据分析的基本数学问题 196第二节 归一化、降维、可视化与聚类 197一、归一化 197二、降维 199三、可视化 203四、聚类 206第三节 轨迹与RNA速率分析算法 210一、轨迹分析算法 210二、RNA动力学相关算法 211第四节 其他算法 213一、实验数据优化算法 213二、单细胞多组学整合算法 217三、空间组学数据分析算法 220学科先锋 青年先锋邱肖杰 224第十章 单细胞组学验证实验 225第一节 单细胞组学研究与验证实验 225一、单细胞组学研究结果需要实验验证 225二、实验验证主要方式 225第二节 单细胞组学验证实验方法 226一、生物学验证实验 226二、组学数据交叉验证 232学科先锋Aviv Regev与人类细胞图谱 237主要参考文献 239附录1 单细胞组学主要数据库与分析工具 241一、单细胞组学数据库和在线分析平台 241二、主要开源单细胞组学分析工具 242附录2 单细胞组学在线教程与资料 248附录3 单细胞组学主要英文术语释义 248
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