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Tsongalis 前言/ 2 突变和表观突变/ 3 用于分子检测的核酸样本来源/ 3 疾病的分类/ 4 疾病的分子分型/ 4 分子检测和伴随诊断/ 7 疾病的分子检测/10 疾病的分子诊断/11 疾病的分子预测/11 展望/12 参考文献/12 2. 分子病理的实验室检测方法——聚合酶链式反应 W.B. Coleman 和 G.J. Tsongalis 前言/14 聚合酶链式反应/14 构成 PCR 反应的基本成分 /16 PCR 反应的优化 /17 PCR 反应特异性和灵敏性的提升 /17 PCR 反应中的污染问题 /17 PCR 反应的抑制剂 /18 PCR 扩增产物的分析 /18 基于常规 PCR 的派生技术 /18 参考文献/20 3. 下一代测序在临床实验室中的应用 D.L. Duncan 和 N.M. Patel 前言/22 DNA 测序化学 /23 计算机科学/25 序列解读和临床报告/27 结论/28 参考文献/28 4. 分子诊断实验室的自动化 S.A. Turner 和 G.J. Tsongalis 前言/29 核酸提取的自动化/31 传染性疾病分子诊断中的自动化/32 遗传学与分子肿瘤学诊断中的自动化/33 结论/37 参考文献/37 第二部分 传染病的分子检测 5. 人类免疫缺陷病毒的分子实验技术 M. Memmi，T. Bourlet 和 B. Pozzetto 前言/42 HIV 感染和 AIDS 背景 /42 HIV 感染诊断和随访中的分子工具 /43 特定临床状况下采取 HIV 分子诊断技术的要点/46 HIV 分子检测的新思路 /48 结论/51 参考文献/51 6. 病毒感染性肝脏疾病的分子检测 P.M. Mulrooney-Cousins 和 T.I. Michalak 前言/54 HAV 和 HAV RNA 的检测 /54 HBV 感染 /55 HCV 和 HCV RNA 的检测方法 /58 HDV 和 HDV RNA 检测方法 /60 HEV 和 HEV RNA 检测 /60 GB 病毒 C 和 GB 病毒 C 基因组的分子检测/61 参考文献/61 7. 人乳头瘤病毒的分子检测 K.M. Bennett 前言/64 分子靶标/64 分子诊断技术/66 临床用途/72 局限性/73 参考文献/73 8. 疱疹病毒的分子检测 S.K. Tan 和 B.A. Pinsky 前言/76 单纯疱疹病毒/76 水痘带状疱疹病毒/79 EB 病毒 /79 巨细胞病毒/80 人类疱疹病毒 -6 型 /81 人类疱疹病毒 -7 型 /82 人类疱疹病毒 -8 型 /83 结论/83 参考文献/83 9. 微小病毒的分子检测 G. Gallinella 微小病毒科/88 微小病毒 B19 /88 分子靶点/90 分子技术/91 临床应用/92 参考文献/94 10. 多瘤病毒的分子检测 G.W Procop 和 B. Yen-Lieberman 前言/98 分子检测的靶基因/98 分子检测的技术/99 临床应用/ 100 检测的局限性/ 101 参考文献/ 102 11. 呼吸道病毒的分子检测 K.A. Stellrecht 前言/ 105 分子靶标/ 105 呼吸道病毒感染分子诊断的临床应用/ 110 分子检测技术及其局限性/ 112 结论/ 115 参考文献/ 115 12. 细菌感染性疾病的分子检测 R. Plongla 和 M.B. Miller 前言/ 119 细菌的鉴定/ 119 呼吸道感染/ 121 胃肠道感染/ 122 血流感染/ 124 B 群链球菌筛检 / 126 对未来的展望/ 126 参考文献/ 127 13. 经性传播感染的病原体 P. Verhoeven，F. Grattard，S. Gonzalo，M. Memmi 和 B. Pozzetto 前言/ 130 梅毒/ 131 淋病/ 131 生殖道的沙眼衣原体感染/ 133 生殖道的支原体感染/ 134 滴虫病/ 134 未来的方向/ 135 结论/ 137 参考文献/ 137 14. 医源性感染的分子诊断 R.C. Arcenas 前言/ 140 MRSA 的分子诊断和临床应用 / 141 MRSA 的分子分型及临床应用 / 143 MRSA 分子筛查 / 监测 / 145 艰难梭菌/ 145 艰难梭菌的分子诊断和临床应用/ 146 艰难梭菌分子诊断和临床应用/ 148 参考文献/ 148 15. 新兴传染病的分子检测 J. Dong，N. Ismail，D. H. Walker 新兴传染病的背景和分类/ 153 运用分子生物学方法发现新兴传染性病原体/ 153 新兴传染性病原体的分子流行病学研究/ 166 新兴传染病病原体的分子诊断/ 167 当前检测的局限性及未来展望/ 168 参考文献/ 170 第三部分 遗传病的分子检测 16. 无创性胎儿染色体非整倍体产前筛查 W. E. Highsmith，M. A. Allyse，K. S. Borowski 和 M. J. Wick 前言/ 176 分子靶标：利用血浆核苷酸进行检测的方法/ 177 分子技术与临床应用：四个商业实验室所采用的四种不同方法/ 177 检测的局限性/ 181 总结与展望/ 182 参考文献/ 182 17. 遗传性心肌病的分子检测 H. M. McLaughlin 和 B. H. Funke 前言/ 184 心肌病的主要类型/ 184 分子生物学病因/ 188 分子技术/ 189 临床应用/ 189 检测的局限性/ 190 参考文献/ 190 18. 凝血疾病的分子诊断 M.B. Smolkin 和 P.L. Perrotta 前言/ 192 分子靶点/ 193 临床应用/ 200 检测的局限性/ 200 参考文献/ 201 19. 囊性纤维化的分子诊断 Y. Si 和 D.H. Best 前言/ 204 分子靶点/ 205 分子技术/ 207 临床应用/ 208 检测技术的局限性/ 210 参考文献/ 210 20. 血色素沉着病的分子检测 P. Brissot，O. Lore′al 和 A.-M. Jouanolle 前言/ 213 疾病机制的背景/ 213 HC 诊断的临床策略 / 215 临床个体化的分子检测方案/ 216 用于家族筛查的临床分子检测方案/ 217 分子生物学的方法和策略/ 218 展望/ 218 结论/ 219 参考文献/ 219 第四部分 肿瘤的分子检测 21. 乳腺癌的分子检测 K.H. Allison 前言/ 222 荧光原位杂交法检测 HER2 / 222 乳腺癌的分子亚型/ 226 预后指标与化疗疗效的评估/ 228 结论/ 230 参考文献/ 230 22. 前列腺癌的分子病理学 A.M. Udager，S.C. Smith 和 S.A. Tomlins 前言/ 234 分子靶点/ 235 分子生物学技术/ 236 临床应用/ 241 检测局限性/ 243 参考文献/ 245 23. 肺癌的分子检测 C.J. Shiau 和 M.-S. Tsao 前言/ 248 分子靶标/ 250 分子技术/ 254 检测局限性/ 255 临床应用/ 256 参考文献/ 258 24. 结直肠癌的分子检测 J.S. Thomas 和 Chanjuan Shi 前言/ 263 结直肠癌的遗传学途径/ 263 遗传性结直肠癌综合征/ 264 结直肠癌靶向治疗的生物标志物/ 267 分子技术、临床效能和检测局限 / 269 参考文献/ 275 25. 黑色素瘤的分子病理学和分子检测 A.A. Hedayat，S. Yan 和 G.J. Tsongalis 前言/ 278 黑色素瘤相关疾病和综合征/ 278 黑色素瘤的分子分析/ 279 黑色素瘤的分子检测/ 283 结论/ 289 参考文献/ 289 26. 胶质母细胞瘤的分子检测 D.G. Trembath 分子靶标/ 294 分子检测技术/ 297 临床应用/ 299 研究的局限性/ 300 参考文献/ 301 27. 胰腺癌的分子检测 M.J. Bartel，S. Chakraborty 和 M. Raimondo 前言/ 303 血清中的 PDAC 生物标志物 / 303 胰液中的 PDAC 生物标志物 / 305 粪便中的 PDAC 生物标志物 / 311 尿液中的 PDAC 生物标志物 / 311 唾液中的 PDAC 生物标志物 / 311 第五部分 血液病理学的分子检测 32. 慢性粒细胞白血病的分子检测 N.A. Brown 和 B.L. Betz 前言/ 358 慢性粒细胞白血病的分子生物学/ 358 分子方法/ 359 测试的指示及结果/ 361 结论/ 362 参考文献/ 363 33. 急性髓系白血病的分子检测 A. Behdad 和 B.L. Betz 前言/ 364 AML 的诊断 / 365 AML 的细胞遗传学异常 / 365 AML 的基因突变 / 368 微小残留病灶（MRD）的检测 / 374 新视野/ 374 参考文献/ 375 结论/ 312 参考文献/ 312 28. 妇科恶性肿瘤的分子检测 S.E. Kerr 前言/ 315 HPV 和宫颈癌 / 315 妊娠滋养细胞疾病/ 318 子宫内膜间质肉瘤/ 321 成人型颗粒细胞瘤/ 323 子宫内膜癌中林奇综合征的筛查/ 325 妇科癌症分子检测的展望/ 328 参考文献/ 329 29. 肾癌新兴遗传观 K. Willoughby 和 H.A. Drabkin 前言/ 332 分子靶点和检测技术/ 333 临床应用/ 337 分子检测的局限性/ 337 参考文献/ 338 30. 甲状腺癌的分子检测 S.J. Hsiao 和 Y.E. Nikiforov 前言/ 340 甲状腺癌诊断中的分子靶点/ 340 分子检测技术/ 342 临床应用/ 343 检测的局限性/ 344 参考文献/ 345 31. 儿科恶性肿瘤的分子检测 K.R. Crooks 和 K.W. Rao 前言/ 348 视网膜母细胞瘤/ 348 Wilms 瘤 / 349 神经母细胞瘤/ 352 参考文献/ 355 34. 骨髓增殖性肿瘤的分子检测 L.V. Furtado 和 B.L. Betz 前言/ 379 MPN 的分子发病机制 / 379 MPN 的分子检测 / 381 MPN 检测的分子方法 / 382 未来展望/ 386 结论/ 386 参考文献/ 386 35. 评估骨髓移植的分子检测 J.K. Booker 前言/ 390 分子靶标/ 390 分子学技术/ 391 临床应用/ 392 检测方法的局限性/ 392 参考文献/ 393 36. 心血管疾病的个体化药物治疗 R.M. Turner，M. Bula 和 M. Pirmohamed 前言/ 396 华法林/ 399 硫酸氢氯吡格雷/ 401 他汀类药物/ 403 布新洛尔/ 404 结论和未来展望/ 406 参考文献/ 407 37. 凝血障碍性疾病的个体化医疗 J. Fareed 和 O. Iqbal 前言/ 410 凝血疾病的基因组学/ 415 抗血小板药和抗凝药的药物基因组学/ 416 出血疾病的基因组学与血友病治疗的个体化/ 419 参考文献/ 420 38. 丙型肝炎的个体化治疗 A. Ferreira-Gonzalez 前言/ 422 丙肝的抗病毒治疗/ 424 开始丙肝治疗的时间和对象/ 426 HCV 感染的初步治疗 / 427 监测开始接受 HCV 治疗、正在治疗或完成治疗的患者/ 429 病毒抗性变异/ 431 宿主药物遗传学在预测 HCV 治疗结局中的作用/ 433 参考文献/ 434 39. 肿瘤的个体化治疗 V.M. Pratt 和 S.A. Scott 前言/ 438 分子靶标：氟嘧啶类和 DPYD / 438 分子靶标：伊立替康和 UGT1A1 / 440 分子靶标：拉布立酶和 G6PD 缺乏症 / 440 分子靶标：三苯氧胺和 CYP2D6 / 442 分子靶标：巯基嘌呤类药物和巯基嘌呤甲基转移酶/ 444 在实施肿瘤个体化治疗时需要考虑的其他问题 / 445 参考文献/ 446 第六部分 个体化医疗中的分子检测 40. 质谱成像在临床病理学中的应用 J.L. Norris，D.B. Gutierrez 和 R.M. Caprioli 前言/ 450 质谱成像/ 451 解剖病理学的应用/ 453 IMS 中的计算方法 / 456 结论/ 459 参考文献/ 459 41. 全基因组测序在分子病理实验室中的应用 G.T.Haskell 和 J.S.Berg 前言/ 462 分子技术/ 462 全基因组测序是否增加临床效用？/ 466 全基因组测序的应用前景/ 468 全基因组测序技术的展望/ 469 参考文献/ 469 內容試閱： 病理学是一门研究疾病的性质、诱因、进程、发展及结局的科学。病理学领域源自应用科学技术去研究人类疾病。因此，病理学是医学和基础科学交叉学科。早期的病理学家一向由执业医师担任，他们描述治疗过的各种疾病，观察导致这些疾病发展的相关因素。随着时间的推移，基于光学显微镜和电子显微镜的出现，人们对疾病粗略的观察逐渐演变为对病变组织结构和超微结构的仔细检测。随着医院和社区疾病登记的普及，研究者能够确定引起疾病的因素，并规避这种特殊暴露风险，这增加了我们对疾病流行病学的认识。描述病理学可以追溯到早有文字记载的医学史。现代诊断病理实践大概可以追溯到 200 年前，从阐明疾病的发病机制和疾病发病机制的联系，到近期从实验病理研究中发现具体的致病因素。实验病理学体现了早期病理学的基础概念——应用科学的方法去研究疾病，以及应用现代的细胞和分子生物学研究工具来改进动物模型系统和研究人体受试者。然而生物科学的分子时代始于 50 多年前，我们对疾病分子机制的认识进展推动了分子病理学领域发展。针对分子生物学中常态环境和病态环境对于细胞、组织和器官的影响问题，相关技术和实验方法已得到显著的更进和新兴拓展，从而催生了上述进展。今天，分子病理学围绕研究疾病的分子机制、转化医学的相互作用，新的基础科学的发现是形成新的治疗方法和靶向治疗新策略的基础，从而预防和治疗疾病。分子诊断病理学是聚焦于利用分子特征和疾病发病机制，发展实用性的分子诊断工具来检测、诊断以及预测疾病的新领域。分子诊断病理学对于实现真正的个体化医疗是至关重要的。这个领域正在不断地扩大、成熟，新出现的分子检测技术将会在人类疾病敏感和特异的检测、诊断和预测中更实用。久而久之，分子技术需要将会越来越多、越来越经济实用，病人无论是在医疗中心还是在社区医院治疗都可以轻易获得。 随着分子病理诊断学领域科学发现的显著进步，基础科学家、临床科学家和内科医生们需要一本信息资源书，包含当前的人类疾病的分子基础知识以及我们如何利用这些疾病的分子特征进行实用的分子检测。更重要的是，系统和有效地训练今天的研究生们、医学生们、博士后研究者，以及其他研究和治疗人类疾病的相关职业者，都需要这本包含了我们当前对疾病的发病机制的分子机制的知识和转化医学相关的新兴概念的书。我们为本书《疾病分子诊断学：分子检测应用指南》组建了一个专家组，讨论了在传统病理学背景下出现的人类主要疾病和疾病过程的分子基础和机制以及如何有效利用这些疾病的分子特征来开发有效的分子检测去解决不易检测、诊断、预测的问题。本书作为一本多用途的教科书，可以作为医学生、生物医学研究生、专职医疗学生和其他人（如优秀的本科生）的课堂教学工具。此外，这本书对病理学家和其他博士后研究者来说也很有价值，他们可以借此提高对疾病分子机制的理解和掌握更多与这些机制相关的实用知识，扩充他们在医学院 / 研究生院所学到的知识。 另外，对于进行相关疾病基础研究和转化研究的执业基础医学家和医师科学家来说，他们需要一本现成的信息资源，包括关于各种人类疾病和疾病状态的分子基础、患者在现代化的医院实验室中检查所用到的分子检测技术，本书是非常有用的参考书。诚然，我们对人类疾病发展的许多原因和分子机制的理解还远远不够，对所有人类疾病的分子检测尚不能做到，但近年来有关人类疾病分子机制的实际开发量急剧增加，区域主题和概念的共识已经出现。我们希望《疾病分子诊断学：分子检测应用指南》能够达到让学生、研究人员、医师深入了解主要人类疾病的分子基础和相关分子检测的目的，从而激发我们通过新的研究来发展新的分子技术和检测，帮助我们进一步理解人类疾病的分子机制和分子医学实践。 William B.Coleman Gregory J.Tsongalis （陶子骄　译，苏东明　校）

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