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編輯推薦: |
小角散射方法在生物分子结构领域的应用可以填补其他生物技术的空白,是一种正在迅速发展的生物物理学研究方法。本书原版出版于2013年,是*本全面介绍小角散射方法分析生物大分子结构信息的学术著作。原作者Dimitri Svergun为欧洲分子生物学实验室(EMBL)的小角散射实验室学术带头人,是目前世界上开发生物大分子小角散射方法*领先的实验室之一,由于其在小角散射领域的开创性工作获得RUSNANOPRIZE奖。本书译者团队来自于中国科学院上海生物生命科学研究院、中国科学院生物物理研究所,有丰富的相关科研经验。本书还拟作为中国科学院上海生物生命科学研究院小角散射培训班教材。
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內容簡介: |
生物大分子小角散射(包括X射线和中子小角散射)法是一种迅速发展的生物学研究方法,该方法与传统生物学研究方法互补,可以获得较大尺度生物大分子的形貌信息。该书从小角散射方法的理论、实验、数据分析、应用等方面做了全面、详实的介绍,从原理到应用贯通到底。
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關於作者: |
译者李娜为中国科学院上海生命科学研究院副研究员。2006年赴法国加香高等师范学校攻读生物物理方向博士研究生,并于2009年获得法方颁发的生物物理学博士学位,同年加入法国居里研究所从事博士后研究工作。现任国家蛋白质科学研究中心(上海)位于上海光源的生物小角X射线散射专用线站负责人,主要研究方向为基于同步辐射光源的X射线小角散射专用线站方法学研究以及生物应用研究。2012年以访问学者身份赴德国汉堡Dmitri Svergun教授的BioSAXS实验组交流学习,系统掌握了小角散射原理、方法以及生物应用的相关知识。曾作为主要技术骨干获得中国水产科学研究院科技进步二等奖,目前已以第一作者身份在国内外学术期刊发表学术论文十余篇。2003年参与编写了科普读物《千姿万态的动物科学原来如此》,2012年翻译了法国科普教材《身边的机器:它们是如何工作的?》,具有丰富的翻译写作经验。
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目錄:
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第一部分理论和实验
第1章小角散射基础
1.1X射线、中子弹性散射
1.2生物大分子的散射
1.3分辨率与衬度衬度
1.4X射线吸收X射线吸收和反常散射反常散射
参考文献
第2章X射线和中子散射仪器
2.1源的特点
2.2X射线源X射线源
2.3中子源中子源
2.4SAXS仪器
2.5中子小角散射仪器
2.6特殊仪器仪器
参考文献
第3章实验过程和数据处理
3.1SAXS和SANS的样品要求
3.2实验方案和仪器校正
3.3SAXS的特点: 辐射损伤辐射损伤
3.4SANS的特点: 使用H2OD2O混合物
3.5随机和系统误差误差
3.6基本结构信息和数据质量
3.7校准校准到绝对标度和分子质量分子质量
参考文献
第二部分数据分析方法
〖〗〖〗生物大分子小角散射: 理论、计算与应用目录〖〗第4章单分散单分散体系
4.1粒子的总体参数
4.2SAS强度的多极表示
4.3香农采样
4.4ab initio形貌分析
4.5由原子模型计算散射曲线
4.6混合方法混合方法
4.7标记和三角测量三角测量
参考文献
第5章多分散与相互作用相互作用体系
5.1尺寸、形状及构象多分散性
5.2尺寸分布函数
5.3形状多分散性和低聚低聚混合物
5.4构象多分散性和柔性系统柔性系统
5.5相互作用相互作用系统和结构因子结构因子
参考文献
第三部分溶液小角散射的生物应用
第6章静态结构的研究
6.1ab initio结构拟合程序的应用
6.2蛋白质及复合物的四级结构四级结构分析
6.3平衡混合体系和多聚组分体系
6.4膜蛋白膜蛋白与脂蛋白脂蛋白
6.5柔性体系
参考文献
第7章动态反应过程及扰动研究
7.1动力学与动理学
7.2扰动方法
7.3温度扫描温度扫描与温度跳变温度跳变
7.4高压高压实验
7.5停流以及连续流连续流混合
7.6光触发方法
参考文献
第8章粒子间的相互作用
8.1物理化学相互作用基础
8.2使用小角散射实验研究蛋白质之间的相互作用
8.3蛋白质结构因子结构因子计算
8.4核酸的相互作用核酸的相互作用
参考文献
第9章跨学科研究中的SAS
9.1自动化和高通量SAS
9.2与高分辨方法联合使用
9.3SAS和低分辨晶体学
9.4结合生物物理学方法
9.5生物信息学和模型验证
参考文献
总结与展望
附录
附录1波动现象的基本物理数学理论
附录2球谐函数球谐函数及其在小角散射中的应用
附录3球形分子之间的相互作用
附录4网络资源
参考文献
缩写词表部分符号与变量表程序列表
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內容試閱:
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小角散射(SAS)技术正被越来越广泛地运用于基础科学和工程学的各个领域,与之对应的应用也越来越专门化。写作本书的目的仅限于满足小角散射技术在生物大分子溶液(主要包括蛋白质、核酸以及它们的复合物)中应用的迫切需求。近些年来,在生物大分子领域,不仅X射线小角散射(SAXS)和中子小角散射(SANS)的相关仪器设备研究取得了重大进步,相关数据处理算法,如从散射数据建模低分辨(1~2nm)三维分子模型等的进展同样令人振奋。本书力求详细反映该发展过程,包括SAXS和SANS基础理论、仪器设备、数据收集、分子建模算法以及与其他方法的互补应用。主要面向的群体为生物化学家、生物物理学家和相关结构生物学方法(如大分子晶体学、核磁共振技术、电子显微镜技术)研究人员。本书适用于有经验的小角散射科研人员,以及刚进入溶液散射领域或没有溶液散射经验的初学者。
本书共分三个部分。第一部分包括前3章,主要论述大分子溶液X射线小角散射、中子小角散射的主要理论概念。第1章为帮助读者理解小角散射技术基础。第2章将概览小角散射实验仪器、X射线同步辐射光源、反应堆中子源和散裂中子源。第3章讲述小角X射线散射和小角中子散射实验的具体特点、样品条件、测试流程和二维数据积分过程。
第二部分包括第4、5章,论述用散射数据获得生物大分子结构模型的方法。第4章讲述均一单分散稀溶液体系的散射数据分析,我们不仅可以从中得到样品整体参数信息,而且可以建模得到低分辨三维分子模型。主要介绍目前流行的从头计算ab initio建模方法和混合建模方法。第5章主要介绍小角散射在多分散体系(如寡聚混合物、柔性大分子)和相互作用系统中的应用。另外,还将讲述小角散射在多分散体系中的应用,其目的不是为了得到结构模型,而是定量地表征混合物的组分含量或者是溶液中粒子间的相互作用。
第三部分包括第6、7、8、9章,主要讲述X射线小角散射、中子小角散射在生物大分子溶液研究中的应用。按不同实验类型和实验方法分章节进行讨论。第6章讨论对静态的单一大分子或复合物的研究,以及它们之间的混合物在平衡状态下的组分研究。生物学过程的时间分辨动力学研究将在第7章中进行讨论。第8章将针对相互作用系统,主要讲述如何使用小角散射技术确定影响粒子间相互作用的因素。最后,第9章将讲述小角散射与其他结构生物学、生物物理学和计算方法的结合使用,讲述现代生物学中多种方法交叉使用的优势以及生物小角散射的发展趋势。
为照顾很多没有相关知识背景的读者,对文中概念的解释尽量简洁易懂。对于想要了解严格数学推导过程的读者可以参考附录中所给出的相关数学内容,如傅里叶变换、球谐函数以及相互作用势计算。同时,附录中还包含很多实用的网站链接。
〖〗〖〗生物大分子小角散射: 理论、计算与应用前言〖〗小角散射在生命科学中某些领域的应用在本书中并没有被涉及,如纤维、准晶、脂质体、胶体和凝胶等,这些结构常存在于活体系统、食品和制药工业中。此外,对于某些相关仪器如准直器、探测器等也只限于简要介绍,因为对于绝大多数读者来说,可以直接购买这些设备的商业成品,或者一些大型设施可提供这些设备的使用,用户并不需要过多关心其原理。
在此,对我们的很多同行、前辈和同事表示感谢,因为从他们那里学到了我们所理解的小角散射,感谢M.Agamalian, C.Baldock, P.Bernado, W.Bouwman,W.Bras, O.Byron, M.Capel, J.Carrascosa, P.Chacon, C.Dewhurst,D.Durand, S.Egelhaaf, O.Glatter, I.Grillo, P.Hghj, T.Irving, S.King, J.Kuriyan, P.Lindner, L.Makowski, P.Meersman, P.Panine, J.S.Pedersen, J.Prez, S.Perkins, A.Round, T.Narayanan, D.Niessing,V.Ramakrishnan, J.Tainer, N.Terrill, J.Trewhella, P.Vachette, B.Vestergaard, M.Wilmanns以及G.Zaccai,他们审阅了本书的部分章节,并给我们提供了相关信息和插图。Dmitri Svergun感谢汉堡的EMBL生物小角散射组和莫斯科晶体学研究所X射线小角散射组对发展方法学的宝贵投入。同时,感谢D.Petoukhova为编写本书所提供的技术上的帮助。
本书中必然存在错误和不妥之处,非常感谢读者能够批评指正。
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