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《环境功能区划关键技术与应用研究》是在上述专题研究成果的基础上提炼整理完成的，包括环境功能界定与划分、环境功能综合评价、红线管控体系、基于区划的环境管理体系等内容。作者认为，环境功能区划是根据区域环境功能的空间差异划分不同类型的环境功能区，提出不同区域的环境管理目标和对策，实施差异化的环境管理政策。基于空间尺度建立从国家到地方的环境功能区划体系，全国环境功能区划以战略引导为主，是各专项环境区划编制和实施的基础和依据。地方环境功能区划以落实细化为主，明确区域内水、大气、土壤、生态等环境要素的管控措施。在以2413个县级行政单位作为评价单元进行环境功能综合评估的基础上，根据区域环境功能类型的体现形式，把全国陆地范围分为五类环境功能类型区，其中，以保障自然生态安全为主的环境功能区占国土面积的53.2％，包括自然生态保留区和生态功能保育区；以维护人群健康为主的环境功能区占国土面积的46.8％，包括食物环境安全保障区、聚居环境维护区和资源开发环境引导区。提出了基于环境功能区划的环境要素管理导则，明确了各环境功能类型区水环境、大气环境、土壤环境、生态环境的管理目标和对策，建立了分区管理、分类指导的环境管理体系。
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