1966年,由于属于自己的专用船只非常少,派驻在越南的海豹突击队员在执行任务时,都需要自己操作他们的临时船舶,或者干脆采取蹭船的策略,乘坐其他单位的船只。但是,海豹突击队并非没有自己的直接支援部队和专门为他们量身订做的船只。管理和驾驶这些船只的部队便是舟艇支援部队。经过1966年的战事,特战队员们迫切需要一支专职操作舟艇的部队和专业船舶来为自己提供援助,为此,从1967年起,舟艇支援部队陆续部署部队和船只到越南,海豹突击队和水下爆破队摆脱了蹭船的窘境,开始如虎添翼。美国海军舟艇支援部队(Boat Support Units)正式成立于1964年2月,并与海豹突击队同属海军作战行动支援群指挥体系,该部队下辖一队和二队,一队驻于科罗纳多,二队驻于小克里特。舟艇支援部队承担的任务是:研究、测试和评估在
河流及受限水域里行动的船只的操作规程、驾驶技术和装备,并提出改进方法,形成战术文件;为支援海军的特种作战行动操纵各种舟艇并安排水手,负责船只维护、保养的勤务。在1964年早期,出于作战需要,舟艇支援一队便加入了海军特种作战部门的高速巡逻艇研发计划,培训相关的操作船员。越战时期,舟艇支援一队先后部署了3个机动支援分队(Mobile Support Team)到越南参战,专门为海豹突击队的行动提供水面支援。舟艇支援二队则留在本土。机动支援第1分队(MST-1)是舟艇支援一队麾下成立最早的分队,于1964年初和母队同时成立,并于同年部署到岘港,由1名海军上尉和10~15名专业水兵组成,这些队员都拥有能够维护和修理快速鱼雷艇(Patrol Torpedo,Fast)和雨燕艇的资质和能力。这个分队主要承担顾问的任务,通过对越南本地船员进行训练和维护的监督工作来支援海军顾问分遣队和南越海军海岸安全特勤队(Coast Security Service)的各种行动。同时,他们还负责在快速鱼雷艇上训练南越海军海岸安全特勤队;快速鱼雷艇和雨燕艇及相关基础配套设施的主要维护和保养也都是由他们来完成。值得一提的是,快速鱼雷艇是美军在越南战争早期便投入战场的海军船只之一,它搭载海军特种部队参与对北越的秘密战。海豹作战排正式部署到越南之前,包括海豹突击队员和水下爆破队员在内的研究与观察组的特战队员很多时候都乘坐该型快艇执行任务。为了专职给海豹突击队、水下爆破队和南越海军蛙人部队提供水面援助,1967年,舟艇支援一队又分别成立并部署了机动支援第2、第3分队到越南。前者成立于3月,和海豹二队A分遣队一样,总部位于平水。越战时期,第2分队先后成立了A、B、C、D、E、F和G共7个分遣队,分队指挥官与海豹突击队及水下爆破队指挥官同一办公室,便于任务协调。第2分队在越南的服役时间为1967年3月至1971年12月。第3分队则部署在芽郫,最初拥有1艘LCM-6型中型机械化登陆艇、2艘LCPL Mk 4型大型人员登陆艇(Landing Craft,Personnel,Large Mark IV)和2艘波士顿捕鲸者快艇,以及25名队员。
TF116是美军为控制湄公河三角洲,在美国军事援助越南司令部司令威斯特摩兰上将的海军参谋戴维韦尔奇上校(David Welch)的提议下,于1965年12月18日成立的内河巡逻部队(River Patrol Force),这支部队需要在北至西贡、南达湄公河三角洲区域的河流和入海口之间的漫长河道上巡逻,协助南越军队控制湄公河三角洲的内河航道,确保水路交通,打击越共游击队,其任务代号为护猎员(Game Warden)。成立初始,TF116麾下主要作战部队为第5内河巡逻中队,计划装备120艘内河巡逻艇(Patrol Boat River,缩写为PBR),按不同防区划分为两 个 特 遣 大 队:第161.1特遣大队(Task Group 116.1,缩写为TG116.1),部署在湄公河三角洲;第161.2特遣大队(Task Group 116.2,缩写为TG116.2),部署在桢沙特区。1967年9月,美军重新划定了TF115和TF116的行动区域分界线,分界线从河口向内陆移动8公里,由快速巡逻艇负责河口地区的巡逻任务,内河巡逻艇也将活动区域向内陆延伸,支援舰艇的停泊位置时常变换,以防被越共锁定并遭到攻击。随着巡逻区域的扩大,TF116的编制也随之膨胀。1968年1月,其麾下的特遣大队增加到了四个,6月时又组建了TG116.5大队,这几支部队分别驻守在湄公河几大支流和桢沙特区:TG116.1大队驻巴萨河,TG116.2大队驻古毡河,TG116.3大队驻美荻河,TG116.4大队驻桢沙特区,TG116.5大队负责巡视三角洲上游与柬埔寨接壤的边境地区。至此,内河巡逻部队的组织结构基本形成,以内河巡逻艇为主力舰种。1968年底,TF116的巡逻艇数量达到250艘,第5内河巡逻中队也升级为第5内河分舰队,至1968年8月,各特遣大队相应变更为第51、第52、第53、第54、第55内河巡逻分队,第51分队驻芹苴和平水,第52分队驻沙沥(后移至永隆),第53分队驻美荻,第54分队驻芽郫,第55分队驻岘港。每个分队辖有4~5个巡逻小队,每个小队配备10艘内河巡逻艇,每两艘巡逻艇编为1个巡逻组。TF116的队员还在科罗纳多和马雷岛(Mare Island)进行专门训练。由于TF116的任务性质,海豹突击队G分遣队在1966年至1969年时归属其指挥战斗,而除了海豹突击队,在这段时间还有第107气垫巡逻艇分队、第1直升机支援中队(1st Helicopter Support Squadron,简称HC-1)及后来的第3轻型直升机攻击中队(3 Light Squadron of attack helicopter,简称HAL-3)、第112扫雷分队(12艘扫雷艇)和第20突袭攻击艇中队(22艘战术突袭艇)这些部队也归属其指挥。在规模最鼎盛时期,TF116拥有258艘舰艇、25架UH-1型通用直升机和15架野马OV-10A多用途飞机。TF117则较为特殊,这支部队是南越第4战区的机动内河部队(Mobile Riverine Force)的组成部分,机动内河部队组建于1966年,是美军为夺回湄公河三角洲主动权、实行反游击战而组建的陆海军联合作战部队,陆军组成部分是第9步兵师的第2步兵旅主力(由第47步兵团第2、第4营,第60步兵团第3营和第34炮兵团第3营,以及其他支援单位组成),海军部分便是第117特遣队,他们的舰艇运载陆军部队在河道上进行机动作战,提供支援火力。TF117的指挥机构于1966年9月1日在科罗纳多成立,主要作战单位是第1内河攻击分舰队,最初下辖第9和第11内河攻击中队,后来又新建了第13和第15内河攻击中队,每个中队下辖两个内河攻击分队。1968年6月,TF117的4个内河攻击中队被合并为两个特遣大队:TG117.1大队(下辖第9和第11内河攻击中队)和TG117.2大队(下辖第13和第15内河攻击中队)。前者又称为A集群(Group Alpha),负责湄公河三角洲东部的作战;后者又称为B集群(Group Bravo),负责湄公河西部的作战。此外,在TF117中,还附属有一个水下爆破队的分遣队、一个爆炸物处理分队和一个河道调查分队进行配合作战。作为配合第2步兵旅作战的支援部队,TF117的每一个内河攻击分队都有运载一个步兵营的能力。