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編輯推薦: |
与数据测量技术相比较,相应的数据分析技术比较滞后。一些经典的生物信息学问题(如蛋白质三维结构预测、真核生物基因的预测等)不能得到解决,许多生命科学中的奥秘问题不断涌现。这种情形的出现一方面还是在于许多重大的生命现象规律没有得到发现,另一方面是其中涉及到物理、化学、生物化学、数学与计算机科学多学科的综合发展,因此有很多的难度。在多学科综合发展中,数学的理论与方法起到十分重要的作用。就蛋白质而言,它们的结构有几百到几十万个原子组成,这些原子有通过各种不同类型的力发生相互作用,由此形成五花八门、千奇百怪的空间结构,这些空间结构有决定各种不同功能的实现。因此对它们的分析涉及许多数学理论与方法,如大规模空间质点系分析的几何理论、组合分析与随机分析理论等。如果把这些数学理论更全面、深入地与生物信息学结合是当今数学工作者所面临的重大而又困难的任务。
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內容簡介: |
与数据测量技术相比较,相应的数据分析技术比较滞后。一些经典的生物信息学问题(如蛋白质三维结构预测、真核生物基因的预测等)不能得到解决,许多生命科学中的奥秘问题不断涌现。这种情形的出现一方面还是在于许多重大的生命现象规律没有得到发现,另一方面是其中涉及到物理、化学、生物化学、数学与计算机科学多学科的综合发展,因此有很多的难度。在多学科综合发展中,数学的理论与方法起到十分重要的作用。就蛋白质而言,它们的结构有几百到几十万个原子组成,这些原子有通过各种不同类型的力发生相互作用,由此形成五花八门、千奇百怪的空间结构,这些空间结构有决定各种不同功能的实现。因此对它们的分析涉及许多数学理论与方法,如大规模空间质点系分析的几何理论、组合分析与随机分析理论等。如果把这些数学理论更全面、深入地与生物信息学结合是当今数学工作者所面临的重大而又困难的任务。
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目錄:
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第四部分 蛋白质的空间形态分析
第16章 空间形态分析概论与数学预备知识
16.1 蛋白质空间形态结构分析概述
16.1.1 蛋白质空间形态结构分析的主要途径
16.1.2 蛋白质空间结构的指标类型
16.1.3 蛋白质空间结构形态的实例分析
16.2 形态分析的指标体系
16.2,1 蛋白质形态描述的总体指标
16.2.2 蛋白质内部与表面形态特征的指标
16.2.3 蛋白质内部其他特征指标
16.3 一些数学知识的补充与介绍
16.3.1 集合与拓扑空间
16.3.2 平面多边形与空间多面体
16.3.3 空间质点系与多面体
16.3.4 超图与晶格
第17章 蛋白质空间形态的相似性分析
17.1 形态的相似性问题
17.1.1 形态的相似性的几种不同的度量指标
17.1.2 序列比对算法
17.2 蛋白质空间形态的比对
17.2.1 三角形拼接带参数序列的比对
17.2.2 离散化的蛋白质序列比对
17.2.3 对长度在300 AA左右的蛋白质的总体相似性分析
17.2.4 内部结构的相似性的比对结果与分析
17.2.5 长短蛋白质的比对与定位
17.3 其他实例计算
17.3.1 离散情形下的实例计算
17.3.2 同源蛋白质族的实例比对计算
17.3.3 其他同源蛋白质的实例比对计算
17.3.4 连续情形下的实例计算
第18章 空间质点系的深度理论
18.1 深度的一般理论
18.1.1 深度的几种不同定义
18.1.2 T一深度与L一深度的定义与概念
18.1.3 T一深度计算的基本定理
18.1.4 T一深度的其他性质
18.2 L一深度与层次函数
18.2.1 L1一深度的性质与推广
18.2.2 一些简单图形的L1一深度,L2一深度计算
18.2.3 质点系中的层次函数的定义与性质
18.2.4 密度分布的定义
18.3深度函数的计算结果与分析
18.3.1深度的计算结果
18.3.2 T一深度与L1一深度的关系分析
18.3.3氨基酸深度的倾向性因子计算
18.3.4深度倾向性因子的其他分析
18.3.5氨基酸序列在蛋白质中的深度预测
18.3.6层次函数的计算分析
18.4利用L一深度与密度分布对一些特殊形态的蛋白质作结构分析
18.4.1一些具有特殊形态蛋白质的数据结构
18.4.2图形文件与特征分析
18.4.3有关内部结构的计算分析
18.4.4利用分布密度来说明蛋白质的形态结构特征
第19章 空间质点系形态分析的几种基本计算法
19.1凸闭包与凸壳
19.1.1 凸闭包与凸壳的计算
19.1.2凸壳的拼接计算
19.1.3对PDB2D42蛋白质的初步分析
19.1.4边界三角形的拼接计算
19.1.5 1GVM蛋白质的计算
19.2小球滚动法
19.2.1空球的定义与分类
19.2.2空球网络结构图
19.2.3空球网络结构的实际计算问题
……
第20章 空间质点系的多面体拟合理论
第五部分 若干应用问题
第21章 几种球蛋白与膜蛋白分析
第22章 流行病传播过程中基因突变的变量化分析
第23章 神经网络系统与神经科学
第24章 酶与酶动力学
第25章 若干热点问题的探讨
第六部分 附录
附录A 重要符号的说明
附录B 一些重要概念与结果的说明
附录C 有关数据库与光盘的说明
参考文献
索引
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